הזדהות משרד החינוך 
לימודי החקלאות בבית הספר הדתי משלבים לימודים לבגרות מורחבת עם התנסות מעשית במשק חקלאי מודרני, הפועל להגברת הייצור של מזון איכותי ובריא מן החי ומן הצומח. כל זאת, תוך שמירה על סביבה בריאה ונקייה. הלימודים כוללים פרויקטים ייחודיים ועבודות מחקר העוסקות בסוגיות מהותיות ובדילמות נפוצות בייצור החקלאי. התלמידים רוכשים מיומנות בתחום בריאות הצמח והבנת הקשר בין גידולים חקלאיים ובעלי החיים לבין הסביבה.
כל תלמידי בית הספר ניגשים בהצלחה לבגרות בחקלאות כמקצוע מוגבר בהיקף של 5 יחידות לימוד. הלמידה לבגרות בחקלאות מקיפה, מגוונת ומרתקת, וכוללת לימודי תחום, המתחלקים למקצועות בעלי החיים ועולמם של הצמחים. בתכנית הלימוד יפגוש התלמיד נושאים עדכניים, כגון משבר האקלים, תזונה נכונה, כלכלה, טכנולוגיה, מזון אורגני וסוגיות סביבתיות נוספות שמשפיעות על חיינו.
התלמיד יתנסה בביצוע עבודות חקר, אגרוטופ, ולמידה של תהליכי מחקר בסוגיות המעסיקות חקלאים וקובעי מדיניות בעולם בניסיון להעלות את הייצור החקלאי ובהתמודדות עם משבר המזון. תלמידים, על פי בחירתם, ניגשים לתכנית מצוינות ומגישים עבודת גמר בהיקף 5 יחידות לימוד נוספות. עבודות הגמר בשיתוף מכוני מחקר מובילים כמו מכון וולקני בבית דגן ומכון וייצמן למדע ברחובות. חקלאות מתקדמת- תכנית הלימודים כוללת שימוש באמצעים טכנולוגיים מתקדמים לשיפור רמת היבולים ואיכותם. אמצעים אלו כוללים שימוש ברחפנים ובמערכות ניווט ומעקב חדשניים, ושימוש בכלים מודרניים בעלי תרומה לרווחיות ולקיימות.
חקלאות והלכה
בית ספר מקווה ישראל הוא ייחודי מאד,
חקלאות למעשה בו ניתן ללמוד.
השנה יש תוכנית חדשה ומיוחדת,
לקשור בין חקלאות והלכה מיועדת.
התלמידים ילמד בעיון את ההלכה,
ואחר כך יישמו את הנלמד בשמחה.
יעסקו במצוות התלויות באדמה,
ישתלו במצע מנותק בחממה.
יחשפו לטכנולוגיות חדישות מותרות לפי ההלכה,
יכירו השקייה נכונה וחליבה בשבת בשמחה.
