הפנימייה הדתית במקוה ישראל שמה לה למטרה לחנך את התלמידים על פי ערכי תורת ישראל , אמונה ושמירת מצוות.
האמונה בערכי היהדות באה לידי ביטוי בחיי היומיום בפנימייה.

מדי יום מתקיימים בסמוך לתפילה שעורי גמרא, הלכות יומיות , למידה בחברותות ועוד.הצוות החינוכי שם דגש על פעילויות חווייתיות המחזקות את תחושת השייכות לעם היהודי בפעילויות כגון הכנת ציציות, תפילות חווייתיות, לימוד שירים , סיורים מעניינים ועוד.

השבת בפנימייה מקבלת חשיבות מכרעת , ובנוסף לפעילויות הפנימיות המועברות על ידי הצוות החינוכי , מתארחים מרצים ורבנים בעלי סיפור חיים מרגש ומרתק הסוחפים אחריהם את החניכים.
במקווה ישראל המדור הדתי חניכי הפנימייה שותפים לפעילות חברתית המתקיימת אחה"צ ובשעות הערב.
אחת לשבוע מועברת בקבוצות החינוכיות המחולקות על פי שכבות הגיל פעילות חברתית על ידי הצוות החינוכי העוסקת בנושאים שונים ומגוונים.

בנוסף לכך ישנה מערכת חוגים עניפה לחניכי פנימית מקוה ישראל המדור הדתי והחוגים בפנימייה שמופעלים בשעות אחר הצהרים והערב לאחר שעות הלימודים מאפשרים מתן ביטוי ליצירתיות החניכים ומהווים מסגרת מפגש בין חניכים משכבות ומגילאים שונים.

החוגים המופעלים השנה בפנימייה הם :
• חוג רכיבה על סוסים
• חוגי ספורט – כדורגל , חדר כושר, אופניים,אתלטיקה קלה ומחול אירובי(לבנות).
• חוג אמנות ומלאכת יד
• חוג תיאטרון 
• חוג מחשבים
• חוגי מוסיקה – שירה ונגינה תופים, וגיטרה
• חוג אתגרים
• חוג "אחרי"
• חוג כושר קרבי
• חוג אייקידו
• חוג בישול

בנוסף מועברות לחניכים שיחות על ידי מיטב המרצים בארץ או על ידי אנשים בעלי סיפור חיים מרגש ומיוחד , החניכים צופים בהצגות , סרטים ויוצאים לטיולים ,לסיורים ולביקורים במוזיאונים .

כמו כן נערכות בפנימייה אירועי שיא סביב נושא מסוים בצורה חוויתית (כגון הישרדות, מי רוצה להיות מליונר ועוד) סביב מעגל השנה ,מניעת התמכרויות , אלימות , ציונות , בריאות ועוד